Unter dem Namen Juniorenabteilung FC Henau besteht eine unabhängige Vereinigung innerhalb des Vereins FC Henau. Die Juniorenabteilung wird innerhalb des Vereins autonom durch eine Juniorenkommission geführt. Der Juniorenobmann wird von der Juniorenkommission gewählt und vertritt die Interessen der Juniorenabteilung im erweiterten Vorstand des FC Henau. Die Juniorenkommission trifft die erforderlichen Entscheidungen selbständig.

Die Juniorenabteilung bezweckt, den Jugendlichen das aktive Betreiben des Fussballsports im Sinne der Statuten des FC Henau und den Reglementen des Schweizerischen Fussballverbandes (SFV) zu ermöglichen. Das Ziel der Juniorenkommission ist es, der Aktivmannschaft längerfristig gut ausgebildeten Nachwuchs zur Verfügung zu stellen.